Les Maisons transfrontalières européennes sont une association à but non lucratif. L'ensemble des services est gratuit. Les Maisons transfrontalières européennes sont financées grâce au soutien de plusieurs partenaires
Le Groupement transfrontalier européen
Les Maisons transfrontalières européennes sont financées en grande partie par le Groupement transfrontalier européen. Le GTE est le fondateur français des Maisons transfrontalières. Il accueille les Maisons transfrontalières dans ses locaux et met à leur disposition son matériel et son personnel.